Charlie Gordon es una persona con dificultades mentales de 32 años, acude a clases de educación especial, tiene amigos que normalmente se burlan de él, y por lo general tiene muy buen carácter y le gustaría ser más listo para agradar a los demás. Por eso, cuando desde un instituto de investigación le ofrecen tomar parte en un procedimiento de cirugía cerebral para volverse más inteligente no duda en decir que sí. Aunque el procedimiento nunca se haya probado más que en animales de laboratorio, aunque tenga muchos riesgos y hasta el momento Algernon sea la única rata en la cual el procedimiento ha tenido éxito, para Charlie las ventajas que puede conseguir superan con creces a los riesgos que está asumiendo. Así que la operación se lleva a cabo, con éxito. El tema central esta novela es, sobre todo, intentar dar respuesta a la pregunta de si el tener inteligencia es la solución a los problemas. La opinión del autor parece ser que no, al menos en el caso concreto de Charlie. La inteligencia no solo no soluciona todos sus problemas, sino que supone que se creen problemas nuevos que él. Es una novela que toca muchos temas, el más evidente el tratamiento de las personas con retraso mental, tanto por parte de la sociedad como por parte de su círculo social y su propias familia. A medida que Charlie se va volviendo más inteligente, percibimos cómo cambian sus relaciones con otras personas: su profesora de la clase de educación especial, Miss Kinnian; los investigadores que están llevando a cabo el experimento del que son cobayas tanto Charlie como Algernon; sus amigos, que alteran su forma de comportarse con él debido a los cambios que provoca en él el experimento… En la novela también se trata el peso del pasado en la vida de una persona. Charlie es más inteligente, y no solo eso, sino que llega a ser superdotado, pero eso no le permite olvidar lo que era antes, lo mucho que sufrió, lo mucho que lo hicieron sufrir. Y otro tema de trasfondo y muy interesante es cómo las personas del entorno de Charlie se enfrentan al cambio. En principio, es un cambio a mejor, y por lo tanto y suponiendo que lo aprecian, deberían alegrarse por él y con él, pero eso no siempre es así. El protagonista caía bien cuando era tonto, cuando era el objeto de burlas, pero a medida que va siendo más inteligente, difícil de manejar e incluso llega a ser superior a ellos, aparecen el rechazo, la envidia y el miedo.